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助力精准医疗,新华三为华西医院打造基因测序“新武器”

【发布时间:2022-08-05】

四川华西医院作为国家重要的医学科研和技术创新基地,在中国最佳医院排行榜(复旦版)的科研得分上连续12年名列全国第一,在Nature INDEX排行榜上,华西医院名列全球第14位,中国第一位。在为长期基因研究工作铺平道路的实践中,华西医院着眼于提高基因数据的分析能力及优化数据分析平台的建设成本,携手紫光股份旗下新华三集团打造高性能计算平台,充分发挥基因测序整体解决方案优势,全力支持精准医疗业务和研究的开展。

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效率与成本兼顾

新华三为基因测序定制高性能计算平台

为进一步提升基因测序的效率,华西医院决定在已有全球领先的基因测序平台上,配合精准医学数据平台的建设,侧重于利用“超多核CPU+GPU”的强大算力,打造高性能计算平台,既要能够立竿见影地显著提升基因测序和分析能力,还要控制好建设成本,提高资金的使用效率和平台建设的延续性。在充分了解客户业务场景,新华三集团根据实际部署情况作出了针对性的方案设计对硬件组件、软件环境和管理平台进行全面整合,在满足性能的前提下,能够显著提高基因测序的效率。

强大内核

支撑高性能计算平台加速医学成果转化

新华三集团采用4台搭载8块NVIDIA A100 GPU和2颗AMD EPYC 7742(一共128个核心、256个线程)处理器的H3C UniServer R5500 G5人工智能服务器打造出性能强大的高性能计算平台,从CPU、GPU的算力调度与整合,到先进的软件和算法,为数十个科学家团队提供包括胚系变异检测、体细胞变异检测等场景的算力服务,全力支持科学家团队的科研工作,加速助力医学成果的转化。

· 多核异构高性能:一直以来,计算能力是基因组分析的瓶颈,而使用GPU加速则可以突破这一瓶颈。新华三的高性能计算平台结合使用AMD EPYC 7742的多核心计算能力和NVIDIA A100 GPU强大的并行分析能力,核心胖节点由10台R8900 G3关键业务服务器组成胖节点集群来承载,8CPU+8GPU均衡架构,超过24TB大内存空间,满足HPC领域各种顶尖科研而带来的海量和复杂计算对高算力的需求。

· 软硬结合简部署:华西医院高性能计算平台所采用的R5500 G5服务器支持NVIDIA HGX A100 8-GPU模组,是首批入选英伟达认证系统的服务器机型之一,可获得英伟达NVAIE在内的整个软件堆栈的企业级支持,包括对开源代码的支持,大大减轻再使用前针对业务场景的部署和前期环境搭建,可以满足华西医院兼顾效率和成本的要求。

· 智慧算力调度作业效率提高32%:新华三集团以智能的傲飞高性能计算管理平台——AI资源区分管理(AIOS)实现了整个HPC集群的集中管理和智能调度,使整个系统像一台机器一样,实现统一的监测、管理、部署,显著地提升系统维护效率,而且能够采用图形界面(GUI)的模式,更加简便和直观地操作计算节点控制台,精准全面地呈现HPC集群的总体状态。同时对HPC批量作业和AI容器作业进行智能调度,作业效率提升32%。

高性能计算平台为华西医院的科学研究注入强大的动力,发挥其在多模态组学数据分析和基因应用等领域的学术优势,加速精准医疗大数据在医学上的广泛应用。未来,新华三集团将持续推进“云智原生”战略的深化,以内生智能的智慧计算,夯实数字大脑底座,助推精准医学领域更多科研突破,以数字化之力支撑国家高技术领域的长远发展。

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