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破译终极生命密码:新华三助力西安交大第一附属医院构建高性能计算平台

【发布时间:2022-07-11】

健康,是幸福生活的基础。

《“十四五”国民健康规划》中提出

到2025年

人均预期寿命在2020年基础上

提高1岁左右的愿景。

推动基因测序,实现精准医学,

从源头上预防和治疗遗传性疾病,

成为建设健康中国的重要途径之一。

在三秦之地,西安交通大学第一附属医院作为西北地区规模最大的综合性三甲医院之一,始终聚焦前沿医学领域的探索和研究。对于科研工作而言,面对数字化时代前所未有的算力需求,高性能计算(HPC)已经成为开展科研工作的重要支撑条件。为此,西安交大第一附属医院携手紫光股份旗下新华三集团打造全面领先的高性能计算集群,为精准医学等前沿科学研究提供强大的数据洞察引擎。

西安交大第一附属医院立足“医疗+”(Medicine-X)理念成立了Med-X研究院,致力于通过医学与工科、理科的融合创新,推动诊疗技术的进步,促进临床医学的发展。在Med-X研究院的日常科研中,从海量的医学数据中发掘线索、洞察价值,是开展研究工作的基础手段。为了能够给医疗数据构建一个强大的分析引擎,Med-X研究院下属数字医学研究所与新华三深化合作打造高性能计算集群,实现高密度计算节点、胖节点、异构加速节点、人工智能训练平台、数据集并行存储平台等关键技术的全面革新,提供前所未有的高效算力和计算密度。

降本增效,为前沿医学研究赋能

通过与新华三集团深入合作,数字医学研究所让高性能计算完美地契合了自身的科研及业务需求,全新的高性能计算集群提供了基因分析应用所需的2倍计算性能,以及PB级的超大基因库检测容量。而且以创新网络技术解决了数据传输的带宽瓶颈问题,从而均衡地支撑不同的业务和算力场景,将基因研究的计算时间从数天缩短到了数小时,大幅度降低了研究周期,以计算效率的提升助力科研水平的跃进。

多维算力支撑,构建强大算力引擎

在高性能计算集群中计算节点的建设上,H3C UniServer B16000塑合智能刀片系统在一个12U机箱空间内集成了16台服务器和8台交换机模块,在简化管理的同时提供了强大性能和稳定性,实现了强大的并行数据处理能力。另外,新华三集团在8路及以上服务器市场已连续多季度蝉联第一*。在胖节点的选择上,模块化的Superdome Flex系列关键业务服务器支持英特尔处理器和高主频内存,单节点能够提供4路CPU计算和3TB内存容量,业界领先的扩展能力可以升级至32路CPU,助力研究院在各类尖端科研领域中探索求新。

同时,面对规模庞大的基因测序数据,异构计算以强大的运算性能成为了最合适的选择。在Med-X研究院,新华三集团将H3C UniServer R5300 G3作为加速深度学习模型构造、快速分析数据导出信息的核心引擎,单机最高支持8块双宽GPU或20块单宽GPU计算加速卡,相当于40台传统服务器的运算速度,显著加速人工智能及深度学习场景运算效率。此外,Infiniband EDR网络架构也依托专为高性能计算集群设计的网络协议,打造了一张全冗余、高可用、全对称、无阻塞的低延时高带宽存储计算网络,解决高性能计算中常见的网络短板,加速精准医疗的快速发展和部署应用。

目前,西安交大第一附属医院MED-X研究院数字医学研究所的高性能计算平台已经全面服务于附属医院人工智能基因组学、疾病表型大数据等深度挖掘和整合挖掘,支撑院内科室的数字化诊疗方案,为多学科交叉研究创造条件。

作为数字化解决方案领导者,新华三集团积极推进“云智原生”战略的深化,为医学研究和医疗服务构建全栈创新的数字化底座,引领数字化技术与医疗场景的深入融合,全面赋能“健康中国”战略建设。

注:数据来源:IDC《2022年第一季度中国服务器市场跟踪报告》

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